Im Vergleich zu einem Außenfilter erweist es sich allerdings als sehr ungünstig, dass im Fall von Ausbesserungsarbeiten an einem eingeklebten Innenfilter nicht selten das ganze Becken außer Betrieb genommen werden muss. Bei Aquarien jenseits der 500-l-Grenze wird dies zu einem aufwendigen Unterfangen. Außerdem hat nicht jeder einen ausreichend großen Behälter als Reserve im Keller stehen, in dem der Fisch- und Pflanzenbesatz übergangsweise untergebracht werden könnte.
Aus der Praxis
Dazu zwei Beispiele: Mitte 2021 hatten sich in einem 760-l-Aquarium die Klebenähte eines im November 2004 eingeklebten Innenfilters teilweise abgelöst. Dadurch trat ungefiltertes Wasser in den Teil des Filters ein, in dem sich die Luftheber befanden; es ergab sich folgerichtig ein „Kurzschluss“; die Filterwirkung wurde dadurch größtenteils aufgehoben. Der Einsatz eines Unterwasserklebers kam aufgrund der schlechten Zugänglichkeit nicht infrage.
Beispiel 2: Ende 2020 hatte sich die Verklebung eines 3-Kammer-Innenfilters in einem 1.360 l fassenden Holzaquarium abgelöst (eingebaut im Januar 2012). Obwohl hier im Vorfeld der Verklebung der fachliche Rat des nach einem großen Eulenvogel benannten Klebstoffherstellers umfassend eingeholt und ein spezieller Kautschukkleber eingesetzt worden war, hatte die Verbindung Glas auf Holz nicht dauerhaft gehalten.